Arciděkanský kostel byl vybudován zřejmě krátce po založení města, tj. koncem 13. století. Po několika přestavbách získal barokní vzhled. Kostel je také významným a proslulým poutním místem. Obraz Panny Marie na hlavním oltáři je kopií zázračného obrazu z kostela ve městě Re v severní Itálii.
Od svého vzniku pravděpodobně ve 13. století byl kostel několikrát přestavován a rozšiřován. V 15. století to byla zásadní přestavba kdy vznikl
ojedinělý síňový prostor. Trojlodní kostel s příčnou lodí a presbytářem je sklenut křížovými, síťovými a hvězdicovými klenbami.
V kostele se nachází obraz sv. Josefa od Ignáce Raaba, ale hlavně
oltář s obrazem Panny Marie Klatovské s malým ježíškem. K tomuto obrazu se
váže řada legend o uzdravení a hlavně pravosti krve na jejím zraněném čele. Traduje se, že na originálu obrazu začala Panna Marie krvácet poté co ji zasáhl kamenem rozlobený karbaník. Zdejší kopii přivezl Ital Rizotti, který se v
Klatovech oženil a usadil. Po jeho smrti obraz zdědila schovanka, která se provdala za krejčího. Ten pod tíhou dluhů musel prodat majetek včetně tohoto obrazu. Když se s přáteli loučil s obrazem, začal prý potit krev. Z toho vyšlo vyšetřování a někdy po roce 1685 byl umístěn na zdejším oltáři.
Při velkých požárech v 18. století našel oltář dočasné útočiště v kostele sv. Martina nacházejícího se tehdy kousek západně od města. Na místě bývalého krajčíkova domu je dnes
kaple Zjevení Panny Marie zbudovaná roku 1696.