Na místě dnešního kostela stávala již ve 12. století pozdně románská kaple sv. Jakuba Staršího.
S existencí této kaple
jsou spjaty počátky
Chotěboře. Dochované fragmenty jejího zdiva jsou dnes uloženy v městském muzeu. Kostel byl poškozen požáry v letech 1692, 1740, 1800 a 1832. V roce 1740 padl za oběť požáru kromě kostela také přilehlý
hřbitov s dřevěnými kříži. V letech 1894-1895 byl kostel
přestavěn pseudogoticky.
V sedmdesátých letech 20. století byl kostel vymalován. Znovu obnoveny omítky a výmalba, byla v květnu a červnu 2010. V roce 2013 byla opravena část krovu věže.