Stavba kostela byla zahájena před polovinou 13. století. V květnu 1257 byl kostel vysvěcen a zároveň sem byla přenesena fara. Počátkem 14. století byla postavena severní věž, která slouží dnes jako věž vyhlídková – její výška je 63 m.
Přibližně o sto let později byla postavena
věž jižní – zvonová. Zakrátko však musela být o celých 9 metrů snížena, neboť se vlivem příliš nestabilního podloží začala vyklánět od své osy. V roce 1563 byl do věže zavěšen zvon, tradičně nazývaný "Zuzana". Je
druhým největším zvonem na Moravě (hned po
Olomouci) – je vysoký 1,82 m a váží 7086 kg.
Kostel je
pokladnicí uměleckých předmětů. Unikátní Pieta pochází z 2.pol.14. století, překrásná socha sv. Kateřiny patří do okruhu krásných českých madon. Pozdně gotické plastiky sv. Jakuba a Boha otce jsou připisovány jihlavské řezbářské dílně. Tepaná zlacená renesanční křtitelnice byla zhotovena norimberským zlatníkem Hansem Hirtem v roce 1599. Obrazy, sochy a fresková
výzdoba kaple pocházejí
z doby baroka.
Do obvodových zdí kostela je vsazeno několik náhrobních kamenů pocházejících ze zrušeného hřbitova.
Oprava krovu a krytiny kostela
Krov kostela sv. Jakuba v Jihlavě a střešní krytina nyní prochází generální opravou. Hotovo by mělo být
v květnu 2019. Oprava chrámového krovu je náročná. Nad presbytářem je vysoký 9 metrů,
nad hlavní lodí má pět pater, výšku 20,5 metru a rozpon (mezeru) 24 metrů se sklonem střechy 59 stupňů. Z východní a západní strany a mezivěží jsou
sklony dokonce
až 81 stupňů.
Nálezy z podkroví kostela by měly být v příštích měsících a letech postupně
vystaveny v mezipatrech chrámové věže, kam při běžném provozu chrámu mohou na prohlídky turisté.