Původně dřevěný děkanský kostel byl zasvěcen sv. Janu Křtiteli. Přemysl Otakar I. jej nechal vystavit z kamene ve slohu gotickém a zasvětit sv. Václavu.
Kostel v budoucnu trpěl
častými požáry, stejně jako celé město
Budyně nad Ohří. Po velkém požáru na konci 15. století nechal Jan IV. Zajíc z Hazmburka zvýšit děkanskou věž kostela a pod římsu nechal vložit znaky svého rodu a své manželky Markéty Minsterberské.
Poté byl kostel
opět několikrát vypálen. Ferdinand z Ditrichštejnu nechal kostel opravit a střechu kostela upravit do cibulovitého tvaru
ve slohu barokním. V kostele je dnes možno vidět sochařskou a vnitřní výzdobu.