Národní přírodní rezervaci tvoří vrchol s přilehlými prudkými svahy hory Kněhyně (1257 m) a nehlubokým sedlem oddělený masív Čertova mlýna (1205,8 m – nejvyšší vrchol Zlínského kraje) s hojným výskytem skalních výchozů a pseudokrasových jevů. Je domovem mnoha vzácných druhů fauny a flory.
Celá vrcholová část hory Čertův mlýn je součástí
NPR Kněhyně – Čertův Mlýn, nejrozsáhlejší rezervace v
Moravskoslezských Beskydech, vyhlášené roku 1982 na ploše 195 ha kvůli ochraně přirozených vrcholových smrčin. V lesní vegetaci převažují
jedlo-smrkové bučiny, na plochých vrcholech
Kněhyně a
Čertova mlýna se nacházejí zakrslé jeřábové smrčiny, na strmých svazích pod vrcholem Kněhyně pak jeřábové smrčiny.
Velkou zajímavostí je zde
oměj tuhý moravský, endemitická rostlina, která se v České republice vyskytuje pouze v Moravskoslezských Beskydech. Ze vzácných rostlin tu roste také
mléčivec alpský, kamzičník rakouský, hořec tolitovitý a keře
rybíz alpský i rybíz skalní.
Z fauny zde má domov karpatský slepý střevlík, který nikde jinde v ČR nežije (Duvaliopsis pilosella stobieckii). Dále zdejší krajinu obývají dravci
včelojed lesní a jeřábek lesní, v pseudokrasových jeskyních žijí
netopýři (vrápenec malý, velkým vodní, ušatý), v lese pak
kuna skalní a velké šelmy –
rys ostrovid a také
medvěd hnědý. Poslední útočiště tu má
tetřev hlušec. Na hřebeny se někdy zatoulá i čáp černý.