Bohaté archeologické, umělecké, řemeslné, etnografické a umělecko-průmyslové sbírky dokumentují historii města Českého Krumlova.
Gotické plastiky, národopisné exponáty nebo interiér barokní jezuitské lékárny a rovněž
unikátní keramický model města, představující historické centrum města kolem roku 1800 v měřítku 1:200, jsou jen malou částí expozice muzea, které spravuje takřka
34 tisíc sbírkových předmětů.
Jedinečnou zachovalost historického centra města
Český Krumlov přibližuje jeho
unikátní keramický model. Keramický model v měřítku 1:200 vznikal v letech 1977-1984. Autoři modelu, ing. arch. Petr Pešek a keramička Jana Pešková, zvolili neobvyklý technologický postup a jednotlivé městské stavby i terénní členitosti zhotovili z kolorované pálené hlíny.
Model zachycuje plochu 56 hektarů městské památkové rezervace, na
800 stavebních objektů, zákruty řeky Vltavy i dnes již neexistující městské opevnění, hradby a brány. Nejstarší částí celého modelu byla Budějovická brána s přilehlým budějovickým předměstím Latránu. V celkové podobě byl model návštěvnické veřejnosti poprvé představen na počátku roku 1985 a dodnes patří mezi právem ceněné a obdivované muzejní exponáty.
Stálá
muzejní expozice Historický obraz Českokrumlovska od pravěku do konce 19. století návštěvníkům přibližuje bohatý dějinný vývoj regionu i města. Českokrumlovský region byl osidlován již pravěkým obyvatelstvem v době kamenné, o čemž svědčí i archeologické naleziště v Dobrkovicích u Českého Krumlova.
Barokní jezuitská lékárna je ojediněle dochovaným souborem zařízení barokní oficíny a spolu s unikátním keramickým modelem historického jádra Českého Krumlova tvoří nepřehlédnutelný expoziční celek, který se dlouhodobě těší velkému zájmu tuzemských ale i zahraničních návštěvníků.
Regionální muzeum má jednu pobočku –
Památník Adalberta Stiftera v Horní Plané.