Lázně byly založeny roku 1783 při prameni vyvěrajícím z lesnatého masívu Libina v nadmořské výšce 635 m. Léčebný účinek pramene Sv. Markéty byl využíván již v 17. století. V lázních se provádělo léčení studenou vodou a byly využity všechny způsoby vodoléčby (Prissnitzovy a Kneippovy léčebné metody).
Lázně byly zaměřeny na
léčbu nervové soustavy a pohybového ústrojí. Mezi léčebné kůry patřil pitný režim,
běhání v ranní rose,
šprůdlování (probíhání dřevěnými vantroky s pramenitou vodou), upřednostňován byl
pohyb na čerstvém vzduchu,
bylinné, rašelinné a uhličité koupele, sluneční a elektrické procedury, včetně masáží. Klientelu lázní tvořili hlavně Rakušané a Němci.
Hlavní lázeňská promenáda, která byla
v listopadu 2017 obnovena, vedla od kolonády, kde byl vyveden léčebný pramen, západním směrem a zde navazovala na
pěší procházkové lesní stezky k serpentině silnice a podél Feferského potůčku. V okolí jsou také nyní vycházkové trasy, např.
ke křížovou cestou ke kapli U Patriarchy, k
Libínské rozhledně a další.
Lázně mívaly své zahradnictví a hospodářský statek. Lázeňský kočár byl určen nejen pro přepravu pacientů k železniční zastávce Markétiny Lázně, ale i k projížďkám. Časté byly i
nedělní návštěvy lázní prachatickými obyvateli. Lázeňský provoz
skončil v roce 1935 a budovy se nadále využívaly jako rekreační letovisko. Ve směru od Prachatic lemuje příjezdovou komunikaci
chráněná kaštanová alej, pečlivě udržovaná místními občany. V říjnu
1982 na Lázních sv. Markéty zahájilo činnost Studijní středisko Ústavu jazykové a odborné přípravy zahraničních
studentů Univerzity Karlovy. Provádělo
jazykovou přípravu cizinců před jejich studiem na českých vysokých školách. Činnost ukončilo v únoru 1986. V současné době je většina budov tehdejších lázní okolo lázeňské promenády odstraněna a
areál – v majetku soukromého vlastníka – je bez využití.
Kareálu se nejlépe dostanete po červené značce od vlakové zastávky Prachatice lázně.
Zdejší prameny jako zdroj vody pro Prachatice
Pramenná oblast zdejšího okolí sloužila jako
zdroj vody pro
Prachatice již od 2. poloviny 16. století. Vodovodní řad z borových trub přiváděl neupravenou surovou vodu podél silnice Prachatice – Libínské Sedlo
do kašny na Velkém náměstí a dalších kašen ve městě. Teprve o 300 let později, v roce 1895, byl tento "renesanční" vodovod nahrazen novým systémem, který
jímal vodu pomocí zasakovacích zářezů doplněných Fiedlerovou štolou z Libínského a Černohorského prameniště. Je funkční
dodnes jako významný doplňkový zdroj pitné vody pro město.