První zmínky o kostelu pochází ze 14. století. Původní gotický kostel byl po roce 1654 barokně opraven a následně několikrát přestavěn.
Již krátce po vzniku osady Bakova byla na vyvýšeném pahorku v přirozeném středu obce postavena dřevěná kaple Panny Marie. Ta byla roku 1384 přestavena v
gotický kamenný kostelík. Původní kaple se nám dochovala jako
jeden z výklenků dnešního kostela.
První
významná (gotická) přestavba se uskutečnila v druhé polovině 16. století. Tehdy byly do kostelní věže zavěšeny zvony a nové hodiny, které měli obyvatelům městečka napříště členit denní dobu, byly prý převezeny ze
zvířetického hradu.
Po zničujícím požáru 1643 byl kostel v druhé polovině 17. století zásluhou hraběnky Eleonory z Rottalu
opraven barokně a opatřen novými zvony.