Třeboňsko je jedno z mála velkoplošných chráněných území, které se nachází v rovinaté krajině. Přestože jde o oblast, která je po staletí přeměňována člověkem, zachovaly se zde velice cenné přírodní hodnoty.
Chráněná krajinná oblast Třeboňsko byla vyhlášená
v roce 1979. O mimořádném významu území svědčí zařazení Třeboňska mezi
biosférické rezervace UNESCO v rámci programu Člověk a biosféra již v roce 1977. Na tomto území, o rozloze 700 km
2, se nachází
celkem 35 přírodních rezervací a památek. Třeboňsko s
více než 400 rybníky patří k mimořádně významné lokalitě z hlediska výskytu vodních ptáků, a to nejen v rámci České republiky, ale i střední Evropy. Celkem bylo na Třeboňsku pozorováno
280 druhů ptáků, k nejvzácnějším druhům patří
orel mořský.
Příroda Třeboňska vyniká především neobyčejnou
pestrostí biotopů. V rozmezí několika desítek kilometrů zde najdete rozsáhlé jehličnaté a listnaté lesy, zbytky lužních lesů, přechodová rašeliniště, která se svými podmínkami přibližují
chladné severské tundře,
teplé stepní lokality,
mokřadní louky či
rybníky, jejichž břehy často nahradily původní mokřadní ekosystémy. Třeboňská rašeliniště společně s vybranými rybníky a dalšími mokřadními biotopy oblasti jsou zařazena mezi
mezinárodně významné mokřady.
V rezervaci najdete
celkem 5 národních přírodních rezervací. Národní přírodní rezervace
Červené blato a
Žofinka zahrnují území s cennými přechodovými rašeliništi. Rezervaci Červené blato můžete navštívit díky stejnojmenné naučné stezce. Národní přírodní rezervace
Velký a Malý Tisý patří mezi mezinárodně významné lokality z hlediska výskytu vodního ptactva. Další národní přírodní rezervace,
Stará řeka, se nachází v oblasti původního toku
Lužnice s četnými tůněmi a slepými rameny. Vzácné luční rašelině s početnými prameništi na břehu
rybníka Horusický je chráněno v rámci Národní
přírodní rezervace Ruda. K dalším významným rezervacím na Třeboňsku patří například
Přírodní rezervace Dračice, která se nachází na části toku stejnojmenné říčky. Na jejích březích přebývá například ledňáček říční či vydra říční. Přírodní rezervace
Meandry Lužnice zahrnuje cenné území s přirozeným meandrujícím tokem Lužnice a říční nivou.