Mohutná trojlodní
bazilika svatého Jakuba v Malé Štupartské ulici v
Praze na
Starém Městě s dlouhým a vysokým kněžištěm byla
barokně přestavěna po požáru roku 1689. Stavby nových varhan se ujal
Abraham Stark z
Lokte (1659–1709); nové
dvoumanuálové varhany s pedálem měly 26 rejstříků a byly dokončeny v roce 1705. Jejich varhanní skříň, kterou obdivují návštěvníci chrámu dodnes, byla unikátní i ve své době.
Nástroj prošel několika přestavbami. První roku 1754 provedl
králický varhanář František Katzer (1702–1764), k dalším úpravám došlo v druhé polovině 19. století a v roce 1906
pražskou varhanářskou firmou
Josef Černý a Josef Rejna. V roce 1941 podle návrhu
Bedřicha Antonína Wiedermanna nástroj značně rozšířil
kutnohorský varhanářský závod Jana Tučka, další přestavba přišla v roce 1956 a stálo za ní varhanářské družstvo
Organa Kutná Hora.
Poslední rozsáhlou přestavbu realizoval v letech 1981–82 závod
Varhany Krnov. V nové rejstříkové dispozici byly obnoveny všechny původní Starkovy hlasy, z větší části i s původními píšťalami, a byly ponechány i četné zajímavé romantické barvy. Současný nástroj má čtyři manuály, 91 znějících rejstříků a 8 277 píšťal.
V roce 2011 provedla firma
Robert Ponča – Varhany z
Krnova celkovou modernizaci hracího stolu, tedy instalaci optoelektronických kontaktů pro manuálové klaviatury a paměťového datového zařízení se 4 000 kombinacemi. V
bazilice svatého Jakuba se pravidelně konají
varhanní koncerty a také každoroční letní
Mezinárodní varhanní festival.
Kromě velkých varhan jsou na pravé podélné tribuně kůru umístěny chórové varhany, nástroj z poloviny 18. století vyrobený v dílnách loketských varhanářů. Díky mechanické traktuře a původním zásuvkovým vzdušnicím je nástroj vhodný ke stylové interpretaci barokních skladeb.