Komplex dómů, chodeb, propastí a puklin v několika výškových úrovních je unikátní i z pohledu živočišné říše. Jedná se o jedno z největších zimovišť netopýrů u nás. Zaznamenáno tu bylo 14 druhů, nejpočetnější jsou vrápenci malí (5000 jedinců).
Javoříčské jeskyně jsou jedním z největších zimovišť netopýrů a vrápenců v ČR. Dosud zde bylo zjištěno 14 druhů letounů. Tradičními a nejpočetnějšími spáči jsou zde vrápenci malí. U nás se jedná o typický synantropní (člověka doprovázející) druh. Jeho letní kolonie sídlí obvykle na půdách velkých budov a jeskyně využívá pouze při zimování. Pro vrápence jsou typické výrůstky na nose, od ostatních netopýrů se však odlišují i dalšími zvláštnostmi – v době zimování například visí obvykle jednotlivě, zabaleni do svých létacích blan. To kvitují s povděkem chiropterologové, kterým se pak tyto „hruštičky“ sčítají snadněji, nežli druhy spící ve shlucích či schované v puklinách.
První záznamy o zdejších letounech pocházejí z poloviny 19. století od známého přírodovědce a badatele Friedricha Antona Kolenatiho. Počínaje rokem 1990 je tato lokalita odborníky sledována pravidelně. V současnosti tu chladné období roku tráví zhruba 5500 vrápenců malých, což je téměř třicetinásobek (!) počtů zaznamenaných v počátcích sledování. Z dalších druhů, které zde pravidelně zimují, jmenujme alespoň ty nejběžnější: netopýr brvitý, velký, vousatý, vodní, Brandtův a řasnatý. Někteří netopýři se zde vyskytují také v období podzimního rojení (swarmingu). Podrobnější výčet lze nalézt například v tomto článku. Za zmínku stojí i další druh vrápence – vrápenec velký, který zde byl opakovaně pozorován (1963, 2006 a 2007). V roce 2006 se jednalo o první zdokumentovaný nález tohoto, v ČR velmi vzácného, druhu během letního období.
S okřídlenými obyvateli jeskyní je možné se blíže seznámit prostřednictvím naučných panelů u správní budovy, díky výkladu průvodců a také s pomocí hravých pracovních listů Netopýři v podzemí. Každoročně se v Javoříčských jeskyních konají speciální akce vedené odborníky – jarní „Probouzení netopýrů“ a podzimní „Uspávání netopýrů“.