V prostorách pod bazilikou a klášterními objekty se nachází základy původního cisterciáckého kláštera ze 13. století do nichž je umístěna nová expozice Martyrion – svědkové víry 20. století.
Více než tři sta let po příchodu soluňských bratří na Moravu osídlili údolí říčky Salašky u nedaleké trhové vsi Veligradu cisterciáčtí mniši.
Nevědomky tak v jistém slova smyslu položili další kamínek do mozaiky duchovního dědictví Velehradu, které charakterizuje setkávání východní a západní kultury. Mniši s sebou kromě obtížně uchopitelného duchovního bohatství přinesli vyspělou západní kulturu. V první polovině 13. století vystavěli klášter, který se svojí uměleckou hodnotou rovnal předním evropským klášterním stavbám.
Dnes nás o tom mohou přesvědčit dochované bohatě profilované portály, hlavice sloupů, svorníků, klenební žebra a další fragmenty, z nichž bylo vytvořeno lapidárium (lat. lapis = kámen). Návštěvníkům Velehradu se nabízí možnost sestoupit do „podpalubí lodi baziliky“ a rajského dvora a seznámit se s do kamene tesaným odkazem mnichů na 400 metrů dlouhé trase.
Mimořádnou pozornost si zde zasluhuje dochovaný vstupní portál do refektáře, náhrobníky s tzv. mluvícími znameními, náhrobek olomouckého probošta Alexia s datem 1282, a bohatě zdobené hlavice sloupů. Součástí prohlídky je také komplex barokních krypt s tajemnou atmosférou.
V opravených prostorách najdete expozici Martyrion – svědkové víry XX. století.