Chrám sv. Mikuláše byl založen jako farní kostel pro královské město, krátce po roce 1265. Vedle kostela se nacházel městský hřbitov, funkční od založení města až do roku 1874, kdy byl zrušen. V roce 1549 bylo započato se stavbou Černé věže, která sloužila později jako zvonice a strážní věž.
Chrám sv. Mikuláše v Českých Budějovicích byl založen jako farní kostel pro královské město, krátce po roce 1265. Kolem roku 1297 byl posvěcen hlavní oltář a kostel byl předán k užívání, byť celá stavba nebyla ještě úplně dokončena.
V letech 1518 až 1535 proběhla
pozdně gotická přestavba kostela, ale protože v roce 1551 došlo ke zřícení, byl kostel opětovně přestavěn se zachováním presbytáře.
V roce 1641 byl objekt zcela zničen požárem a stavělo se opět znova. Stavbou do již barokní podoby byli pověřeni italští stavitelé, J. Cipriani a F. Canevalle. Chrám byl dokončen v roce 1649, ale v následujících letech 1686-88, italský stavitel G. A. de Maggi provedl ještě přestavbu chrámového průčelí do dnešní podoby a
štukovou výzdobou jej obohatil S. Cereghetti.
Vedle kostela se nacházel městský hřbitov, funkční od založení města až do roku 1874, kdy byl zrušen. V roce 1549 bylo započato se stavbou
Černé věže, která sloužila později jako
zvonice a strážní věž.
Když došlo v roce 1785 k založení nové diecéze se sídlem v Českých Budějovicích, byl tento městský
chrám povýšen na katedrální, čímž se stal prvním a hlavním kostelem v celé diecézi (což rozlohou dnes odpovídá Jihočeskému kraji), v jejímž čele stojí diecézní biskup.
Úpravy a opravy, zejména interiéru, provázely katedrálu i v následujících letech, tedy 1857-58, 1912-13, 1969-70. Vnitřní trojlodí je dělené třemi páry masivních hranolových pilířů a je zaklenuto valenou klenbou s výsečemi. Bohatý štukový dekor je dílem T. Zeisla. Na hlavním oltáři z roku 1791 od Z. Huebera lze obdivovat velkorozměrný obraz sv. Mikuláše z roku 1648 od J. Bachmanna.