Kostel U Ježíška získal dnešní podobu po barokní přestavbě kaple, která stála od 17. století v údolní nivě řeky Radbuzy a u které si postavil městský lékař a primátor Pavel Helffer z Helfferstreu svou předměstskou usedlost.
Kapli nechal primátor Pavel Helffer zvětšit v roce 1746 stavitelem Matějem Ondřejem Kondelem a malbami vyzdobit nejlepším plzeňským malířem a freskařem Františkem Juliem Luxem. Na konci 18. století usedlost s kostelíkem koupila proslulá zvonařská rodina Pernerů. Ta dala kostelík znovu rozšířit v roce 1806 stavitelem Antonínem Barthem a pod kostelem si zřídila rodinnou hrobku. Kostel nikdy nepatřil církvi. Vždy byl v soukromých rukách a nyní jej vlastní město Plzeň.
V současné době probíhá postupná rekonstrukce budovy včetně interiéru zahrnující restaurování velmi kvalitního barokního vybavení včetně jediných dochovaných varhan z dílny slavného plzeňského varhanáře Jana Leopolda Rausche z přelomu 18. a 19. století a rokokového oltáře. Na současném stavu kostelíku se podepsalo především znárodnění v roce 1948, po němž stavba pustla a chátrala. Až v roce 1992 dostali objekt zpět původní majitelé, rodina Divíškových, od nichž kostelík odkoupilo město.
V kostelíku je možné také uzavřít církevní i civilní sňatek. Kostel nadchne především ty, kdo plánují svatbu menších rozměrů. Kapacita kostela je maximálně 70 svatebčanů. Kostelík je vytápěný, obřady se zde mohou konat celoročně. Výtěžek ze všech akcí, tedy i svateb, putuje na opravu památky.