V kryptě proboštského kostela sv. Petra a Pavla pod kněžištěm se nachází kostnice. Spolu s kostnicí v Sedlci u Kutné Hory patří k největším v České republice. Tato krypta je strohou gotickou místností s pozůstatky 10 až 15 tisíců lidí.
Kostnice sloužila jako doplněk klášterního hřbitova. Kosti jsou sestaveny ve tvaru jednoduchých ornamentů.
Lebky a kosti s válečnými ranami jsou soustředěny na jednom místě. Podle postupu stavby presbytáře a nápisu na jejich stěnách sloužila kostnice svému účelu do 30. let 16. století. Samotný
kostel sv. Petra a Pavla je jedním z nejstarších chrámů v Čechách z přelomu 10. a 11. století. Současná gotická podoba chrámu je z r. 1520. Dominantní je
věž kostela s barokní bání vysokou 60 metrů.
Kolem kostela byl od nepaměti hřbitov, který však nestačil zejména
při morových epidemiích pojmout četné pohřby, a proto hrobníci vybírali pozůstalé kosti a rovnali je v kostnici. Kostnice neboli karnery bývaly u většiny farních chrámů, kde existovaly hřbitovy. Mělnická kostnice sloužila
svému účelu do roku 1775, kdy byl hřbitov u kostela zrušen. Podle guberniálního nařízení ze dne 16. srpna 1787 měly být kosti z kostnic pohřbeny do země. Na
Mělníce to však vyřešili
zazděním oken a vchodu do kostnice. Hřbitov byl přenesen ke kostelu sv. Ludmily na předměstí. Při opravách chrámu v letech 1891 – 1892 byl vchod do kostnice znovu otevřen a náhrobní kameny kryjící okna byly přemístěny do interiéru kostela. Po restauraci chrámu z let 1913 –
1916 se započalo s odborným studiem a uspořádáváním kostí. Kostnice byla připravena pro studijní účely i pro návštěvy z řad veřejnosti.
V kostnici jsou umístěny pozůstatky asi
10 000 až 15 000 osob různého stáří, pohlaví i etnického původu. Byly sem totiž v minulosti sváženy kosti nalezené
na různých místech v okolí Mělníka, pozůstatky válečných událostí třicetileté války a dalších šarvátek.