Předmětem ochrany je unikátní ekosystém nížinného toku řeky Moravy s meandry, ostrůvky, náplavy a bočními říčními rameny (mezi Litovlí a Horkou nad Moravou) a navazující blízké nelesní i lesní ekosystémy, se zastoupením typických i ohrožených druhů rostlin a volně žijících živočichů.
Mezi
Mohelnicí a Olomoucí se
řeka Morava vine jako
modrá tepna širokou nivou. Její vody omývají ploché štěrkové náplavy, jež jsou domovem kulíků říčních a pisíků, a strmé břehy, kde své nory hloubí
bobři či ledňáčci. Přirovnáme-li Moravu k tepně, pak srdcem oblasti jsou lužní lesy, které společně se systémem tzv. selských hrází plnily již
od středověku také protipovodňovou funkci. Nejpozoruhodnějšími biotopy lužních lesů jsou bezesporu periodické tůně, ve kterých se
na jaře vyskytují vzácní korýši – žábronožky a listonozi. Pro své mimořádné přírodní hodnoty zde bylo vyhlášeno několik
maloplošných zvláště chráněných území (NPR Vrapač, PR Litovelské luhy), dále je třeba zmínit komplex mokřadních luk na samém okraji Olomouce (PR Plané loučky a Chomoutovské jezero – významná ornitologická lokalita).
Mokřadní část CHKO byla v roce 1993 zařazena do Ramsarského seznamu významných mokřadů. Druhou polovinu oblasti tvoří
masiv Doubravy, mírně zvlněná pahorkatina, kde se díky rozumnému hospodaření v minulosti (lichtensteinské panství) zachoval
komplex chlumních doubrav. Na druhém břehu Moravy se zvedá
vápencový Třesín – NPP, výrazná krajinná dominanta severozápadní části CHKO, jenž se svými jeskyněmi a teplomilnými
společenstvy luk a lesů na jižních svazích
kontrastuje s nivou Moravy.
Žijí tu bohatá společenstva bezobratlých živočichů typická pro přirozený nížinný říční tok. Celkem zde bylo zaznamenáno
56 druhů ptáků, 40 z nich tu hnízdí. V roce 1991 byl v území nově vysazen
bobr evropský (Castor fiber) a vzácně se vyskytuje
vydra říční (Lutra lutra).
Územím prochází Moravská
dálková cyklostezka (č.51) a jsou zde
zastavení naučné stezky "Luhy Litovelského Pomoraví". K zajímavostem zde patří také turistická "vietnamská lávka" na ř.km. 252,5 řeky
Moravy. Jedná se o zavěšenou dřevěnou lávku nad řekou.