Původní středověký farní kostel v Horní Bobrové nedostačoval na počátku 18. století potřebám rozsáhlé farnosti. Santini proto v roce 1714 vypracoval nový projekt a kostel byl v souvislosti s realizací svatojánského poutního kostela na Zelené hoře vysvěcen 5. října 1722.
Z původního pozdně románského kostela nechal Santini pouze hlavní loď, kterou proměnil v kněžiště s oltářem, a tak obrátil celou orientaci kostela. Na východní straně připojil prostor nové lodi. Vstupní pětiboký portál je působivě barokně realizován a v literatuře je často připomínán italskými vzory, především římským průčelím stavitele Borrominiho.
Stavba byla vyměřena za osobní Santiniho přítomnosti na počátku stavební sezóny 1708 a kostel vysvěcen již v roce 1710. Zajímavostí jsou rustikální konzervativní kamenné portály, pozůstatky některé dřívější stavby na území panství z období 17. století. Po roce 1808, kdy kostel zakoupila obec Chotouň, byla stavba rozsáhle opravena a přistavena zvonice na západní straně.