Josef Fanta už v době studií architektury na české technice v
Praze spolupracoval s dalšími významnými architekty, mimo jiné s
Josefem Zítkem na interiérech
Národního divadla. Od roku 1881 byl asistentem profesora
Josefa Schulze, podílel se na návrzích
Rudolfina a
Národního muzea. Pomáhal rovněž
Antonínu Wiehlovi při stavbě
Wiehlova domu na
Václavském náměstí, zapojil se i do projektů významného mecenáše a architekta
Josefa Hlávky. Společně s ním dokončil areál
Hlávkových domů ve Vodičkově ulici a navrhl budovu
Hlávkových kolejí v pražské Jenštejnské ulici.
V roce 1900
Josef Fanta navrhl interiéry
pavilonu české Obchodní a živnostenské komory na Světové výstavě v Paříži, za které získal zlatou medaili. V roce 1909 byl jmenován profesorem středověké architektury na české technice, kde pak vyučoval až do roku 1922. Vychoval několik generací českých architektů a byl rovněž čestným doktorem technických věd a členem
České akademie věd a umění. Přátelil se s řadou osobností, například se spisovateli
Juliem Zeyerem a
Jakubem Arbesem, malířkou
Zdenkou Braunerovou či astronomem
Josefem Janem Fričem.
Mezi nejznámější Fantovy
pražské stavby patří odbavovací hala a budova dnešního
Hlavního nádraží,
budova Ministerstva průmyslu a obchodu Na Františku,
dům pěveckého spolku Hlahol na
Masarykově nábřeží či
Vosmíkova vila na
Smíchově. Mimo hlavní město navrhl
Mohylu míru coby památník
bitvy u Slavkova 1805, a několik vil v
Poděbradech. Fanta stál také u zrodu
hvězdárny v Ondřejově, a společně se spisovatelkou
Gabrielou Preissovou založil slávu vesnice
Jevany, oblíbeného víkendového místa pražské smetánky.
Josef Fanta se oženil s
Julií Kameníkovou, s níž měl tři dcery a syna; ten padl za první světové války. Pávě v Jevanech se jeho prvorozená dcera
Marie, později proslavená jako novinářka a překladatelka Ma-Fa, často setkávala se svou velkou životní láskou
Janem Masarykem.
Fanta pocházel z hluboce věřící rodiny, což je v jeho tvorbě promítlo v návrzích oltářů, monstrancí a dalších sakrálních předmětů, bohoslužebných rouch, náhrobků či rekonstrukcí řady památek. Mezi ně patří například
kostel Narození Panny Marie v Klatovech,
kostel sv. Václava na Zderaze nebo
pivovarnický dům U Vejvodů v Jilské ulici na
Starém Městě. Ornát zhotovený podle jeho návrhu je vystaven ve
stálé expozici Svatovítského pokladu na
Pražském hradě.
Josef Fanta zemřel
20. června 1954 ve věku 97 let a je pochován na
Olšanských hřbitovech v rodinné hrobce, kterou sám navrhl. Na
Malé Straně ve Sněmovní ulici č.p. 164/8, kde bydlel, jej připomíná pamětní deska s bustou. Jeho jméno nese
Fantova kavárna v původní odjezdové hale
Hlavního nádraží.